Shinichi Kudo est un lycéen dont les capacités de déduction et de raisonnement sont telles qu'il lui arrive très souvent de collaborer avec la police sur des enquêtes criminelles. La presse parle souvent de lui et le compare à un Sherlock Holmes des temps modernes, ce qui fait craquer ses nombreuses fans au grand dam de sa meilleure amie, Ran Mouri.
Toutefois, pour tenir la promesse qu'il lui a faite, Kudo sort avec elle au parc d'attraction Tropical Land. Lors de cette petite visite, un meurtre est commis au grand huit qu'il résoud assez rapidement. Mais peu après cette affaire, il remarque un homme en smoking noir assez louche et décide de le suivre. Il assiste alors à une transaction entre l'homme en noir et un traficant d'arme. Mais comme il était concentré sur la transaction, il en oublie un complice et se fait assommer.
Avant qu'il ne s'évanouisse, les 2 hommes discutent de quoi faire de lui. Pour éviter de faire trop de remous, ils décident de l'empoisonner avec une drogue expérimentale créée par leur organisation. Lui ayant fait avaler le poison, ils partent et Kudo s'évanouit, terrassé par le poison et incapable de bouger suite au choc.
Mais le poison a un effet très inattendu sur son organisme : au lieu de mourir, Kudo se réveille. Mais beaucoup de choses ont changé, à commencer par lui-même ! Son corps ressemble maintenant à celui d'un enfant de 10 ans ! La police ne le croit pas, et c'est avec réticence que son voisin admet les faits.
Pour que Kudo retrouve son corps, il doit retrouver les hommes en noir. En attendant, pour ne pas éveiller de soupcons, il change de nom et devient Edogawa Conan. Il s'installe (avec beaucoup de réticences) chez sa meilleure amie parce que son père, Kogoro Mouri, est détective. Ainsi, en mettant ses capacités de déduction au service d'un Kogoro en facade, la poursuite des hommes en noir commence...
Shinichi Kudo is a high school boy whose deduction skills and reasoning are so efficient that he often helps the police department on murder cases. The media often speaks and compares him to a modern Sherlock Holmes, which makes crazy her female fans. A problem for her best friend, Ran Mouri.
However, to keep the promise he made to her, Kudo goes out with her in the amusement park of Tropical Land. While visiting, a murder occurs and Kudo solves it quickly. But a bit later he notices a man in black suit who seems acting strangely and decides to follow him. He then witness a deal between the man in black and a weapon muggler. But since he was focused on the deal, he did'nt noticed the man in black's friend, who hurt him down.
Before collapsing, the 2 men in black discuss of what to do of him. To avoid getting trouble, they decide to poison him with a new experimental drug their organisation created. After making him swallow the drug, they leave him to death and Kudo collapses, unable to resist to the poison.
But strangely the poison didn't killed him : instead of dying, Kudo is awaken by a bunch of policemen. But many things changed, and first of all himself ! His body shrunk to a ten-years old boy, the police doesn't believe him when he tells them the story and even his neighbour is reluctant to believe him.
To get back to his normal body, Kudo must find the men in black. While searching, not avoid being suspected, he changes his name to Edogawa Conan and (reluctantly) choose to live with his best friend because his father, Kogoro Mouri, is a detective. That way, by using his brain cells to solve cases instead of a not-so-efficient Kogoro, the search for the men in black is launched...